规划与决策研究所主要从事运筹学、预测技术、多目标决策方法等基础理论研究，以及水运、水利行业中的区域内河航道网规划、水权管理、工程投融资管理、建设项目风险分析、建设项目后评价等方法研究。该研究所还从事企事业单位的发展预测、发展规划及发展战略研究等。