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水利经济研究所是1985年由水利部批准设立的以研究为主的河海大学机构，主要任务是研究水利等基础产业如何以适应社会主义市场经济为目标，结合行业实际的经济体制改革及其运行机制问题，为政府部门、企事业单位及社会各界提供多方位的服务。
从事专业范围有：水利经济、系统规划、建设项目评价、水利工程后评价、水资源资产化管理、基础产业产品定价、企业组织管理、经济政策与经济管理、能源经济、企业管理、投资管理及政策计算机仿真等。
近年来水经所承担各类国家攻关项目、国家基金项目、国家重点软科学项目、世界银行、国家节水型社会建设、省部级重点项目及企、事业生产单位委托项目，许多科研成果经专家评审鉴定达国内领先水平，部分成果达到国际先进水平，获国家科技进步一等奖1项、二等奖2项、部省级科技进步奖14项。出版《水利经济学》、《水利经济政策回顾与研究》、《资产评估》、《水利经济研究》、《动能经济》、《水价格学》、《优化技术在水利规划中运用》等专（译）著20余部。至2013年底在各类科技刊物（含国际刊物和国内核心刊物）上发表学术论文共计590余篇，在国内外学术界具有一定影响。培养出了水资源技术经济相关学科的科研骨干及技术带头人。
