管理科学研究所成立于200年，是河海大学管理科学与工程学科重要的科研基地之一，王慧敏教授任所长。研究团队包括由教授、副教授、讲师、研究人员、博士后、博士和硕士等50余人。现有固定研究人员12人，主要研究领域集中在管理科学工程、水经济与管理。主要研究方向包括：管理科学与系统工程；供应链管理与最优控制；数量经济理论方法及经济系统分析；水灾害与水安全管理；水资源大系统运行管理；模糊决策理论及应用；智能算法和决策；生态经济学与环境管理；区域发展规划；能源经济理论与管理；政策评估等。

近年来，研究团队先后承担“十一五”国家科技支撑计划重点课题、国家自然科学基金重大研究计划、国家自然科学基金国际合作项目及国家自然科学基金面上项目、国家社会科学基金重点项目、国家社会科学基金一般及青年项目等国家级项目14项；教育部博士点基金、水利部公益性项目、水利部“948”项目、江苏省社会科学基金项目、江苏省软科学研究计划重点项目等基金项目30多项。科研成果“基于多主体合作和供应链的水资源现代调配理论、关键技术与应用”获2009年高等学校科学技术进步奖一等奖，其他成果获得省部级科学技术进步奖二等奖3次，获省部级科技进步三等奖4次及其他科学研究优秀成果奖10多项。出版专著5部，发表论文300多篇，其中40多篇论文被SCI、EI收收录.在Transportation Journal（SSCI）发表论文《Institutionalization Design in the Establishment of Recyling and Logistic System for Household Electronic Waste—Experience and Inspiration from Hangzhou Pilot Residential Communities》，提出了适合中国家用废旧电器回收物流设计的制度体系；在《水科学进展》发表的“南水北调供应链运营管理的若干问题探讨”学术论文，表明供应链管理理论与方法在水资源复杂大系统水资源配置和调度管理的理论与方法层面上具有开拓性和广泛的应用前景；在《系统工程理论与实践》发表的“基于CAS范式流域水资源配置与管理及建模仿真”学术论文，提出基于复杂适应系统理论的流域水资源配置与管理的新理论与研究框架体系，研究成果在生产实际产生了显著的社会经济效益。

研究团队成员曾获教育部“新世纪优秀人才支持计划”、江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科技领军人才、江苏省“突出贡献中青年专家”、江苏省优秀博士论文等人才项目资助和荣誉称号。

    研究所与美国杜克大学、美国加州大学河滨分校、美国伊利诺伊大学香槟分校、加拿大温莎大学、澳大利亚联邦科学与工业研究组织数学与信息科学研究所、香港中文大学、香港科技大学、中国科学院数学与系统科学研究院等多个机构具有长期的交流合作。目前招收管理科学与工程学科博士后、博士生、硕士生以及国内外相关领域的访问学者。